Windwos版 NetBeans ではコンソール出力が文字化けします。（Ver.6.1 RC1現在）
以下の設定を追加することで文字化けが解消します。
\（NetBeansインストールフォルダ）\etc\netbeans.conf を開き、
netbeans_default_options= に -J-Dfile.encoding=UTF-8
を追加します。
netbeans_default_options= に -J-Dfile.encoding=UTF-8
を追加します。
保存してNetBeansIDEを起動すると設定が有効になります。
追記：
Ver.6.1 RC1では、上記設定でも文字化けが発生しました。
最新のVer.6.5であれば、上記設定で文字化けが解消できるようです。
私もコンソールが文字化けして困っているのですが、追加の仕方がいまいちわかりません…少し詳しく教えていただけませんか？？
netbeans_default_options=”-J-Dcom.sun.aas.installRoot=\”D:\Program Files\glassfish-v2ur2\” -J-client -J-Xss2m -J-Xms32m -J-XX:PermSize=32m -J-XX:MaxPermSize=200m -J-Xverify:none -J-Dapple.laf.useScreenMenuBar=true -J-Dsun.java2d.noddraw=true”
を
netbeans_default_options=”-J-Dcom.sun.aas.installRoot=\”D:\Program Files\glassfish-v2ur2\” -J-client -J-Xss2m -J-Xms32m -J-XX:PermSize=32m -J-XX:MaxPermSize=200m -J-Dfile.encoding=UTF-8 -J-Xverify:none -J-Dapple.laf.useScreenMenuBar=true -J-Dsun.java2d.noddraw=true”
と変更しましたがコンソールは変わりませんでした。。
詳しくどこが間違っているのかまで環境が違うので分からないのですが、私の環境（ Win-XP SP3 / NetBeans IDE 6.1 (Build 200805300101) ）での設定を貼っておきますね。
netbeans_default_options=”-J-client -J-Xss2m -J-Xms32m -J-XX:PermSize=32m -J-XX:MaxPermSize=200m -J-Xverify:none -J-Dapple.laf.useScreenMenuBar=true -J-Dsun.java2d.noddraw=true”
一度、私の設定で上書きして試してみてはどうでしょうか？
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